Realizada apenas por empresa de auditoria previamente credenciada pelo Banco Central do Brasil, a Auditoria Cooperativa, que é diferente da auditoria das demonstrações contábeis, consiste na avaliação do desempenho operacional da cooperativa e da sua situação econômico-financeira; da verificação de sua aderência às políticas institucionais; da verificação da formação, capacitação, atribuições e remuneração dos administradores; e do atendimento aos dispositivos legais e regulamentares, principalmente quanto:
- à adequação dos limites operacionais e dos requerimentos de capital;
- às regras e práticas de governança e controles internos;
- à adequação da gestão de riscos e de capital;
- à prevenção da lavagem de dinheiro e do financiamento do terrorismo;
- ao crédito rural e ao Programa de Garantia da Atividade Agropecuária (Proagro) aplicáveis às instituições financeiras que operam no Sistema Nacional de Crédito Rural (SNCR); e
- ao relacionamento com clientes e usuários de produtos e serviços financeiros.